利用微生物组新技术检测和应对感染、解析微生物组代谢潜力和效应分子，以及阐述免疫失调中微生物组与宿主的关键免疫互作。迄今为止微生物组领域共发表SCI论文75篇，总影响因子>1,200，引用11,300余次 (Google Scholar数据)。近五年，以最后或共同通讯作者身份在Nature Biotechnology、Nature Communications、Advanced Science (2篇)、Microbiome (2篇)等杂志发表SCI论文35篇，累计影响因子>450。2022年获得北京市杰出青年科学基金项目资助。主持国家“病原学与防疫技术体系研究”重点专项、重点研发计划项目课题、国家自然科学基金委新型冠状病毒应急攻关专项、重大研究计划培育项目等。作为共同发起人兼大会主席组织2018、2019、2021年度中国肠道大会等重要全国性学术会议，兼任中国生物工程学会生物信息技术专业委员会秘书长、中国生物物理学会肠道菌群分会副秘书长。